Une affection de longue durée ne change rien au contrat de travail : ni obligation d’en informer l’employeur, ni restriction d’activité, ni statut particulier. Ce qu’elle change, c’est l’indemnisation des arrêts de travail, qui devient plus longue et plus favorable, et l’accès à des outils de reprise que beaucoup de salariés ignorent. Cette page décrit ce que l’ALD modifie concrètement pour un salarié qui travaille, s’arrête, reprend ou ne peut plus tenir son poste, avec les règles en vigueur au 15 septembre 2026, vérifiées sur ameli.fr et service-public.gouv.fr.
Ce que l’ALD change, et ce qu’elle ne change pas
| Sujet | Salarié sans ALD | Salarié en ALD, pour les arrêts liés à l’affection |
|---|---|---|
| Durée maximale d’indemnisation | 360 indemnités journalières sur trois ans, tous arrêts confondus | Trois ans par affection ; un nouveau droit s’ouvre après un an de reprise |
| Délai de carence de trois jours | À chaque arrêt | Une seule fois par période de trois ans |
| Montant de l’indemnité journalière | 50 % du salaire journalier de base, 42,97 € au plus | Identique |
| Impôt sur le revenu | Indemnités imposables | Indemnités exonérées d’impôt |
| Temps partiel thérapeutique | Possible, sans arrêt à temps plein préalable | Identique |
| Contrat, salaire, poste, protection contre le licenciement | Droit commun | Droit commun : aucune règle spécifique |
Le protocole de soins ne concerne que l’Assurance maladie. L’employeur n’en est pas informé, n’a pas à l’être, et ne peut pas le demander. Les seules personnes qui connaissent la nature de l’affection sont le médecin traitant, le médecin-conseil de la caisse et, si le salarié choisit de lui en parler, le médecin du travail, tenu au secret. Sur l’attestation de droits et la carte Vitale figure une exonération du ticket modérateur, jamais le diagnostic.
Travailler avec une ALD
La plupart des personnes en ALD travaillent normalement. Les contraintes pratiques sont les rendez-vous médicaux, les examens de surveillance et parfois la fatigue liée aux traitements. Aucun texte n’accorde d’autorisation d’absence rémunérée pour un rendez-vous médical ; il faut poser des heures, des congés ou s’entendre avec l’employeur, sauf convention collective ou accord d’entreprise plus favorable, ce qui est fréquent dans la fonction publique et les grandes entreprises. Une consultation qui donne lieu à un arrêt de travail, même d’une journée, est en revanche couverte comme tout arrêt.
Le médecin du travail est l’interlocuteur pour tout aménagement : horaires, télétravail, poste, charge physique. Le salarié peut le solliciter à tout moment, sans passer par l’employeur, et lui seul décide de ce qu’il lui dit. Ses préconisations écrites (article L.4624-3 du code du travail) s’imposent à l’employeur, qui doit les mettre en œuvre ou expliquer par écrit pourquoi il ne peut pas. La reconnaissance de la qualité de travailleur handicapé peut être demandée à la MDPH quand l’affection réduit durablement les possibilités d’emploi ; elle n’est pas automatique avec l’ALD et n’est pas nécessaire pour obtenir un aménagement, mais elle ouvre les aides de l’Agefiph et compte dans l’obligation d’emploi de l’entreprise. Voir Travailleur handicapé : droits, aides et démarches.
Les arrêts de travail en ALD
L’arrêt est prescrit par le médecin traitant ou le spécialiste, sur le formulaire sécurisé obligatoire depuis 2025 ou par télétransmission, et transmis à la caisse sous 48 heures ; le volet employeur suit le même délai. Depuis le 1er septembre 2026, un arrêt initial prescrit en ville ne peut pas dépasser un mois et une prolongation deux mois, ce qui oblige à revoir le médecin plus souvent mais ne limite pas la durée totale. Le médecin coche la case indiquant que l’arrêt est en rapport avec l’ALD ; c’est cette mention qui déclenche les règles favorables.
L’indemnité journalière est de 50 % du salaire journalier de base, calculé sur les trois derniers mois de salaire brut dans la limite de 1,4 SMIC, soit 42,97 € par jour au maximum en 2026. Elle est versée pendant trois ans au plus pour la même affection, contre 360 jours sur trois ans hors ALD, et la carence de trois jours ne s’applique qu’au premier arrêt de la période. Au-delà de six mois d’arrêt, la caisse vérifie que le salarié justifie de douze mois d’immatriculation et d’un volume minimal de travail ou de cotisations ; c’est le moment où des dossiers se bloquent, en général pour un problème d’attestation de salaire. Les indemnités versées au titre d’une ALD exonérante ne sont pas imposables et n’ont pas à être déclarées ; celles d’un arrêt sans rapport avec l’ALD le sont.
Le complément de l’employeur est le même qu’hors ALD : après un an d’ancienneté, 90 % du salaire brut pendant 30 jours puis 66,66 % pendant 30 jours, durées allongées avec l’ancienneté, après sept jours de carence, et souvent davantage par convention collective. Un contrat de prévoyance d’entreprise prend le relais au-delà. Le détail de l’indemnisation est dans Indemnités journalières : les règles pour un versement rapide.
Reprendre le travail
Quatre outils existent, tous activables pendant l’arrêt. Le rendez-vous de liaison, à partir de 30 jours d’arrêt, est un échange facultatif entre le salarié, l’employeur et le service de santé au travail pour préparer le retour ; il n’est pas médical et peut être refusé sans conséquence. La visite de pré-reprise auprès du médecin du travail, à partir de 30 jours d’arrêt, peut être demandée par le salarié, son médecin ou le médecin-conseil, jamais par l’employeur ; c’est là que s’organisent les aménagements. L’essai encadré permet de tester un poste, chez son employeur ou ailleurs, pendant 14 jours renouvelables une fois, sans interrompre l’arrêt ni les indemnités. Le temps partiel thérapeutique, prescrit par le médecin traitant et accepté par l’employeur, permet de reprendre à temps réduit en cumulant le salaire correspondant et des indemnités journalières maintenues ; il n’est plus nécessaire d’avoir été arrêté à temps plein juste avant, et il est prescrit par périodes renouvelables dans la limite des droits à indemnités.
La visite de reprise auprès du médecin du travail est obligatoire après 60 jours d’arrêt pour maladie, dans les huit jours suivant le retour ; l’employeur l’organise. C’est à cette visite que le médecin peut préconiser un aménagement ou, dans les cas graves, constater l’inaptitude.
Quand le poste n’est plus tenable
Seul le médecin du travail peut déclarer un salarié inapte, après examen, étude du poste et échange avec l’employeur. L’employeur doit alors rechercher un reclassement dans l’entreprise ou le groupe, sauf si l’avis mentionne expressément que tout maintien serait gravement préjudiciable à la santé ou que l’état de santé fait obstacle à tout reclassement. À défaut de reclassement ou de licenciement dans le mois suivant l’avis, il doit reprendre le versement du salaire. Le licenciement pour inaptitude d’origine non professionnelle ouvre droit à l’indemnité légale ordinaire, sans préavis ; si l’affection résulte d’un accident du travail ou d’une maladie professionnelle, l’indemnité spéciale est doublée. Une convention de rééducation professionnelle en entreprise ou une formation financée par le compte personnel de formation peuvent accompagner une reconversion.
Peut-on être licencié pendant un arrêt maladie ? Oui, mais jamais en raison de l’état de santé, qui est un motif discriminatoire (article L.1132-1 du code du travail) sanctionné par la nullité du licenciement. L’employeur peut invoquer un motif étranger à la maladie, ou établir que des absences prolongées ou répétées perturbent le fonctionnement de l’entreprise et l’obligent à remplacer définitivement le salarié : c’est un licenciement pour motif personnel, soumis au juge, qui vérifie la réalité de la perturbation et du remplacement. Cette voie est fermée quand la convention collective garantit l’emploi pendant une durée donnée, et pendant toute la durée d’un arrêt lié à un accident du travail ou une maladie professionnelle.
Indépendants, fonctionnaires, aidants
Les artisans, commerçants et micro-entrepreneurs bénéficient des mêmes règles d’ALD pour leurs indemnités : trois ans par affection, carence unique de trois jours, indemnité de 1/730 du revenu annuel moyen des trois dernières années, 65,84 € par jour au plus en 2026. Les professions libérales relèvent de leur caisse pour les arrêts au-delà de 90 jours. Les fonctionnaires ne sont pas en ALD au sens de l’Assurance maladie pour leur rémunération : ils relèvent du congé de maladie ordinaire (90 % du traitement pendant trois mois, puis 50 % pendant neuf mois), du congé de longue maladie (trois ans, dont un à plein traitement) ou du congé de longue durée (cinq ans, dont trois à plein traitement) selon l’affection, accordés par le conseil médical ; le protocole ALD sert pour leurs soins, pas pour leur paie.
Le salarié qui accompagne un proche en ALD a droit au congé de proche aidant, d’une durée de trois mois renouvelable jusqu’à un an sur la carrière, indemnisé par la CAF au titre de l’allocation journalière du proche aidant, et au congé de solidarité familiale pour un proche en fin de vie. Les deux se prennent sans que l’employeur puisse les refuser, sous réserve des délais de prévenance.
Questions fréquentes
Dois-je dire à mon employeur que je suis en ALD ?
Non. Aucune obligation, et l’employeur ne peut pas l’exiger. En parler au médecin du travail, en revanche, est le moyen d’obtenir des aménagements.
Mes indemnités journalières sont-elles imposables ?
Non pour les arrêts liés à une ALD exonérante, oui pour les autres. Le complément versé par l’employeur reste imposable dans tous les cas.
Combien de temps puis-je être arrêté ?
Trois ans par affection pour les indemnités de la Sécurité sociale. Le maintien de salaire par l’employeur et la prévoyance ont leurs propres durées, en général plus courtes ; à leur terme, la pension d’invalidité peut prendre le relais si la capacité de travail est réduite des deux tiers.
Puis-je refuser un temps partiel thérapeutique ?
Oui, il se prescrit avec votre accord. L’employeur peut aussi le refuser, mais il doit alors motiver sa décision, et le refus peut être discuté avec le médecin du travail.
L’ALD donne-t-elle droit à la RQTH ou à l’AAH ?
Non, ce sont des démarches distinctes auprès de la MDPH, qui évalue autrement (taux d’incapacité, restriction d’accès à l’emploi). Beaucoup de personnes en ALD n’y ont pas droit ; d’autres cumulent les deux.
Un rendez-vous médical peut-il justifier une absence ?
Pas de plein droit, sauf accord collectif ou usage dans l’entreprise. Il faut s’arranger avec l’employeur ou poser du temps. Une absence non autorisée reste une absence, ALD ou non.
