Un micro-entrepreneur est affilié à l’assurance maladie comme n’importe quel assuré : depuis 2020, la Sécurité sociale des indépendants a été intégrée au régime général et c’est la CPAM du département qui gère son dossier, rembourse ses soins aux mêmes taux qu’un salarié et lui verse, sous conditions, des indemnités journalières. Ce qui distingue sa situation n’est pas la couverture mais la façon de la financer et ce qui manque autour : les cotisations sont un pourcentage du chiffre d’affaires, les indemnités journalières dépendent d’un revenu souvent faible, et il n’y a ni mutuelle d’employeur ni prévoyance collective. Cette page reprend ces points avec les chiffres de 2026. Montants vérifiés le 15 septembre 2026 sur entreprendre.service-public.gouv.fr et ameli.fr.
L’affiliation
La déclaration de début d’activité sur le guichet unique (formalites.entreprises.gouv.fr) vaut affiliation : l’Urssaf transmet à la CPAM, qui ouvre ou met à jour le dossier. Un ancien salarié garde sa caisse, son numéro de sécurité sociale, sa carte Vitale et son compte ameli ; il n’a rien à faire, sauf mettre sa carte à jour en borne quelques semaines plus tard. Une personne qui n’était pas encore affiliée (première activité, arrivée en France) reçoit une notification d’affiliation de la CPAM et commande ensuite sa carte Vitale depuis le compte ameli. Un micro-entrepreneur qui cumule son activité avec un emploi salarié reste rattaché au titre de son activité principale, et les remboursements sont identiques dans les deux cas. Les professions libérales réglementées (architectes, psychologues, ostéopathes, experts-comptables, etc.) relèvent de la CPAM pour la maladie et de la Cipav pour la retraite.
Les cotisations
Le micro-entrepreneur paie chaque mois ou chaque trimestre, sur autoentrepreneur.urssaf.fr, un pourcentage de son chiffre d’affaires encaissé qui couvre en une fois la maladie-maternité, les indemnités journalières, la retraite de base et complémentaire, l’invalidité-décès, les allocations familiales et la CSG-CRDS. Pas de chiffre d’affaires, pas de cotisation, mais pas de droits non plus. Les taux 2026 sont les suivants.
| Activité | Taux 2026 | Avec versement libératoire de l’impôt | Plafond de chiffre d’affaires 2026 |
|---|---|---|---|
| Vente de marchandises, hébergement (BIC) | 12,3 % | 13,3 % | 203 100 € |
| Prestations de services commerciales et artisanales (BIC) | 21,2 % | 22,9 % | 83 600 € |
| Professions libérales non réglementées (BNC, hors Cipav) | 25,6 % | 27,8 % | 83 600 € |
| Professions libérales réglementées (BNC, Cipav) | 23,2 % | 25,4 % | 83 600 € |
| Location de meublés de tourisme classés | 6 % | 7 % | 203 100 € |
Le taux des professions libérales non réglementées a été relevé par étapes, de 21,1 % en 2023 à 25,6 % en 2026, pour financer une retraite complémentaire dont ces micro-entrepreneurs étaient jusque-là dépourvus ; la part maladie, elle, n’a pas changé. S’y ajoute la contribution à la formation professionnelle (0,1 % pour les commerçants, 0,2 % pour les professions libérales, 0,3 % pour les artisans). L’ACRE, réservée aux créateurs qui en remplissent les conditions (demandeurs d’emploi indemnisés ou non, bénéficiaires du RSA, moins de 26 ans, entre autres), réduit ces taux de moitié jusqu’à la fin du troisième trimestre civil suivant le début d’activité. Ces cotisations ne changent rien aux remboursements : un micro-entrepreneur qui déclare un chiffre d’affaires nul reste remboursé de ses soins au titre de la résidence en France.
Les indemnités journalières
C’est le point faible du statut. Pour percevoir des indemnités journalières en cas d’arrêt maladie, le micro-entrepreneur doit être affilié depuis au moins douze mois au titre de cette activité et avoir un revenu d’activité annuel moyen, sur les trois années civiles précédentes, d’au moins 4 582 € en 2026 (10 % de la moyenne du plafond de la Sécurité sociale) ; en deçà, l’indemnité est nulle. Le revenu retenu n’est pas le chiffre d’affaires mais le chiffre d’affaires diminué de l’abattement forfaitaire : 71 % pour la vente, 50 % pour les services BIC, 34 % pour les BNC. Un consultant en BNC qui encaisse 20 000 € par an a donc un revenu retenu de 13 200 €. L’indemnité est égale à 1/730 de ce revenu annuel moyen, soit 18,08 € par jour dans cet exemple, et au plus 65,84 € par jour en 2026 (pour un revenu au niveau du plafond de 48 060 €). Elle est versée à partir du quatrième jour d’arrêt, pendant 360 jours au maximum sur trois ans, et l’arrêt se transmet à la CPAM comme pour un salarié, dans les 48 heures. Les professions libérales relèvent du même dispositif depuis juillet 2021 pour les 90 premiers jours ; au-delà, c’est leur caisse de retraite (Cipav ou section professionnelle) qui prend ou non le relais selon son règlement.
Pour la maternité, la micro-entrepreneuse affiliée depuis dix mois perçoit une allocation forfaitaire de repos maternel de 4 005 € (le plafond mensuel de la Sécurité sociale) et une indemnité journalière forfaitaire de 65,84 € pendant son congé, à condition de cesser toute activité au moins huit semaines ; ces deux prestations sont réduites à 10 % si le revenu annuel moyen est inférieur au seuil de 4 582 €. Le congé de paternité ouvre droit à la même indemnité journalière pendant 25 jours.
Ce qui manque et comment le compléter
Un micro-entrepreneur n’a pas de mutuelle d’employeur ni d’obligation d’en souscrire ; sans complémentaire, il paie le ticket modérateur, le forfait hospitalier et les dépassements. Trois voies existent. La complémentaire santé solidaire, si les ressources du foyer sont inférieures aux plafonds (10 421 € par an pour une personne seule pour la version gratuite, 14 069 € avec participation en 2026), en retenant le revenu après abattement forfaitaire ; beaucoup de micro-entrepreneurs en début d’activité y ont droit sans le savoir. Un contrat individuel, dont la cotisation n’est pas déductible en micro-entreprise, le régime « Madelin » étant réservé aux indépendants au réel. Ou, pour ceux qui ont aussi un emploi salarié, la mutuelle de cet emploi, qui couvre l’ensemble de leurs soins. Le conjoint salarié peut souvent rattacher le micro-entrepreneur à sa mutuelle d’entreprise, ce qui est fréquemment la solution la moins chère. Les conditions de la C2S sont détaillées dans le guide de la complémentaire santé solidaire.
La prévoyance, c’est-à-dire un revenu de remplacement en cas d’arrêt long, d’invalidité ou de décès, est l’autre manque : les indemnités journalières du régime sont faibles ou nulles les premières années, et la pension d’invalidité des indépendants est calculée sur le même revenu. Un contrat de prévoyance individuel, avec une franchise de quinze ou trente jours, est le seul moyen de couvrir ce risque ; il se compare sur le montant garanti par jour, la franchise et les exclusions.
Les démarches du quotidien
Le compte ameli sert comme pour tout assuré : attestation de droits, déclaration du médecin traitant, commande de carte Vitale ou de carte européenne, arrêts de travail. Le chiffre d’affaires se déclare sur autoentrepreneur.urssaf.fr même quand il est nul, sous peine de pénalité, et c’est cette déclaration qui alimente le revenu servant aux indemnités journalières et à la retraite. L’attestation de vigilance et l’attestation d’affiliation, souvent demandées par les clients ou les banques, se téléchargent sur le même site. En cas de changement de régime (retour au salariat, passage en société), la CPAM reste la même : seule la nature des cotisations change.
Questions fréquentes
Un micro-entrepreneur est-il moins bien remboursé qu’un salarié ?
Non. Les taux de remboursement de la Sécurité sociale sont identiques pour tous les assurés. La différence porte sur les indemnités journalières et l’absence de mutuelle d’employeur.
Je viens de démarrer : ai-je droit aux indemnités journalières ?
Pas avant douze mois d’affiliation, et seulement si le revenu annuel moyen des trois dernières années dépasse 4 582 €. Un ancien salarié conserve toutefois ses droits d’ancien salarié pendant douze mois après la fin de son contrat.
Dois-je prendre une mutuelle ?
Rien ne l’impose. Vérifier d’abord l’éligibilité à la complémentaire santé solidaire, puis le rattachement possible à la mutuelle d’un conjoint, avant de comparer des contrats individuels.
Mes cotisations sont-elles déductibles ?
Les cotisations sociales sont incluses dans le forfait du micro-entrepreneur ; les cotisations de mutuelle et de prévoyance ne sont pas déductibles en micro-entreprise, l’abattement forfaitaire tenant lieu de toutes les charges.
Que se passe-t-il si je déclare un chiffre d’affaires nul plusieurs années ?
Les soins restent remboursés, mais aucun droit aux indemnités journalières ni trimestre de retraite ne s’acquiert. Après 24 mois consécutifs sans chiffre d’affaires, le statut de micro-entrepreneur est perdu.
Puis-je cumuler ARE et micro-entreprise pour la santé ?
Oui. Le cumul est possible sous conditions pour l’allocation ; pour l’assurance maladie, l’affiliation est unique et les remboursements sont inchangés. Les indemnités journalières relèvent alors du régime le plus favorable selon les droits acquis.
