Arrêter de travailler pour raisons de santé n’est pas une démarche unique mais un parcours, avec des étapes qui s’enchaînent et des délais qui ne se rattrapent pas. Ce guide suit ce parcours dans l’ordre : l’arrêt de travail et son indemnisation, la préparation du retour, puis les dispositifs qui prennent le relais lorsque la reprise du poste n’est plus possible — invalidité, inaptitude, AAH et reconnaissance de travailleur handicapé.
1. L’arrêt de travail : déclarer et être indemnisé
Les deux règles de forme à ne pas manquer
Le volet destiné à la caisse doit lui parvenir dans les 48 heures, et le troisième volet être remis à l’employeur dans le même délai. Un envoi tardif expose à une réduction, puis à une suppression des indemnités en cas de récidive.
Un arrêt papier n’est valable que s’il est établi sur le nouveau formulaire Cerfa sécurisé, doté de sept points d’authentification, obligatoire depuis le 1er juillet 2025 ; depuis le 1er septembre 2025, les anciens modèles et les photocopies sont systématiquement rejetés par l’Assurance maladie : aucune indemnité n’est versée tant que le médecin n’a pas réédité l’arrêt sur le bon support. L’arrêt transmis directement en ligne par le médecin n’est pas concerné.
Ce que verse la Sécurité sociale
| Statut | Carence | Indemnité journalière | Maximum en 2026 |
|---|---|---|---|
| Salarié | 3 jours | 50 % du salaire journalier de base, du premier au dernier jour indemnisé | 42,97 € brut par jour (salaire retenu dans la limite de 1,4 SMIC) |
| Artisan, commerçant, micro-entrepreneur | 3 jours | 1/730e du revenu annuel moyen des trois dernières années | 65,84 € par jour |
| Fonctionnaire | 1 jour | 90 % du traitement pendant 3 mois, puis 50 % pendant 9 mois | — |
| Accident du travail ou maladie professionnelle | aucune | 60 % du salaire journalier de base, puis 80 % à partir du 29e jour | — |
Trois précisions qui reviennent souvent. Le taux de 50 % ne change pas au cours de l’arrêt : la majoration à 66,66 % au-delà du 31e jour a été supprimée le 1er juillet 2020. Les indemnités des indépendants ne sont pas forfaitaires : elles dépendent du revenu déclaré, et il faut être affilié depuis au moins un an, à jour de cotisations, avec un revenu annuel moyen supérieur à 4 806 €. Les professions libérales relèvent d’un régime propre, avec des indemnités journalières servies depuis le 1er juillet 2021 selon des plafonds différents.
Pour les fonctionnaires, le maintien du plein traitement appartient au passé : depuis le 1er mars 2025, en application du décret n° 2025-197 du 27 février 2025, la rémunération du congé de maladie ordinaire est ramenée à 90 % pendant les trois premiers mois. Le supplément familial de traitement reste versé en totalité.
Le complément versé par l’employeur
C’est la ressource la plus souvent oubliée. Un salarié comptant au moins un an d’ancienneté a droit, en plus des indemnités journalières, à un complément légal de l’employeur : 90 % de la rémunération brute pendant les 30 premiers jours, puis 66,66 % pendant les 30 jours suivants, ces durées augmentant avec l’ancienneté. Ce complément démarre après un délai de carence de 7 jours, sauf en cas d’accident du travail où il s’applique dès le premier jour.
La convention collective prévoit fréquemment mieux : maintien intégral du salaire, carence supprimée, durée allongée. Un contrat de prévoyance, collectif ou individuel, peut prendre le relais au-delà. Il faut vérifier les trois — loi, convention, prévoyance — avant de conclure à une perte de revenu.
Pendant combien de temps
L’Assurance maladie verse au maximum 360 indemnités journalières sur une période de trois ans, tous arrêts confondus. En affection de longue durée, la limite passe à trois ans pour la même affection, un nouveau droit s’ouvrant après une reprise d’au moins un an. Le détail du calcul et des conditions d’ouverture figure dans notre article sur les indemnités journalières.
Les contrôles
Deux contrôles coexistent. Le service médical de la caisse peut convoquer l’assuré et mettre fin à l’arrêt. L’employeur qui maintient tout ou partie du salaire peut, de son côté, mandater un médecin pour une contre-visite à son domicile : elle peut intervenir à tout moment pendant l’arrêt, et non dans un délai particulier. Si ce médecin conclut que l’arrêt n’est pas justifié, l’employeur peut suspendre le complément de salaire, et le rapport est transmis à la caisse.
Les horaires de sortie fixés par le médecin doivent être respectés. Un séjour hors du département, en France comme à l’étranger, suppose l’accord préalable de la caisse, à demander par écrit avant le départ.
2. Préparer la reprise avant la fin de l’arrêt
Trois outils existent, et ils s’activent pendant l’arrêt, pas après.
- La visite de pré-reprise auprès du médecin du travail, pour tout arrêt de plus de 30 jours. Elle peut être demandée par le salarié lui-même, son médecin traitant ou le médecin conseil — jamais par l’employeur. C’est là que s’anticipent l’aménagement du poste, la formation ou le reclassement.
- Le temps partiel thérapeutique, prescrit par le médecin traitant et soumis à l’accord du médecin conseil et de l’employeur. Le salaire à temps partiel se cumule avec des indemnités journalières maintenues.
- L’essai encadré, qui permet de tester un poste, chez son employeur ou ailleurs, sans interrompre l’arrêt ni perdre les indemnités.
Demander une visite de pré-reprise ne déclenche aucune procédure d’inaptitude et n’engage à rien : c’est un examen préparatoire.
3. Quand la reprise n’est plus possible : la pension d’invalidité
La pension d’invalidité s’adresse aux assurés dont la capacité de travail ou de gain est réduite d’au moins deux tiers par une maladie ou un accident d’origine non professionnelle, avant l’âge légal de la retraite. Elle suppose douze mois d’affiliation et un minimum d’activité au cours de la période de référence.
| Catégorie | Situation | Montant | Maximum 2026 |
|---|---|---|---|
| 1 | Capable d’exercer une activité réduite | 30 % du salaire annuel moyen des 10 meilleures années | 1 201,50 € |
| 2 | Incapable d’exercer une activité | 50 % du même salaire | 2 002,50 € |
| 3 | Incapable, et besoin d’une tierce personne | 50 %, majorés pour tierce personne | 3 300,95 € |
Le montant minimum est de 338,31 € par mois, quelle que soit la catégorie. La demande se fait auprès de la caisse dans les douze mois suivant la consolidation, la constatation de l’invalidité ou la fin des indemnités journalières, au moyen du formulaire S4150. La caisse dispose de deux mois pour répondre, le silence valant refus.
Travailler avec une pension d’invalidité
C’est possible dans les trois catégories, y compris la deuxième — le classement en catégorie 2 n’interdit pas juridiquement de travailler. Depuis 2022, une seule règle s’applique : lorsque le total de la pension et des revenus dépasse un salaire de comparaison (le plus élevé entre le salaire annuel moyen de base et le salaire de l’année précédant l’arrêt), la pension est réduite de la moitié du dépassement, lissée sur douze mois. Il n’existe aucun plafonnement au montant de l’AAH. Reprendre une activité augmente donc toujours le revenu final.
Contester une décision d’invalidité
Le tribunal des affaires de sécurité sociale a été supprimé en 2019. Aujourd’hui, un désaccord de nature médicale — catégorie retenue, taux d’incapacité, fin d’arrêt décidée par le médecin conseil — passe par une expertise médicale ou par la commission médicale de recours amiable. Un désaccord de nature administrative passe par la commission de recours amiable de la caisse, dans un délai de deux mois. Dans les deux cas, la juridiction compétente ensuite est le pôle social du tribunal judiciaire.
4. L’inaptitude et le contrat de travail
Seul le médecin du travail peut déclarer un salarié inapte, à l’issue d’un examen et après étude du poste. L’employeur doit alors rechercher un reclassement, sauf mention expresse d’une dispense dans l’avis. À défaut de reclassement ou de licenciement, il doit reprendre le versement du salaire au bout d’un mois.
L’indemnité de licenciement dépend de l’origine de l’inaptitude. Si elle résulte d’un accident du travail ou d’une maladie professionnelle, le salarié perçoit une indemnité spéciale égale au double de l’indemnité légale, plus une indemnité compensatrice de préavis. Si l’inaptitude a une origine non professionnelle, c’est l’indemnité légale ordinaire qui s’applique, sans préavis.
Peut-on être licencié pendant un arrêt maladie ? Oui, mais jamais en raison de l’état de santé, qui est un motif discriminatoire. L’employeur doit invoquer un motif étranger à la maladie, ou établir que l’absence prolongée perturbe le fonctionnement de l’entreprise et l’oblige à un remplacement définitif. Il s’agit alors d’un licenciement pour motif personnel non disciplinaire, et non d’un licenciement économique.
Après une rupture, l’inscription à France Travail doit intervenir dans les douze mois pour préserver les droits à l’assurance chômage.
5. AAH et reconnaissance de travailleur handicapé
L’allocation aux adultes handicapés s’élève à 1 041,59 € par mois depuis le 1er avril 2026, pour un plafond de ressources annuel de 12 499,08 € pour une personne seule. Elle suppose un taux d’incapacité d’au moins 80 %, ou compris entre 50 et 79 % avec une restriction substantielle et durable d’accès à l’emploi.
L’AAH est différentielle : une pension d’invalidité inférieure à ce montant peut être complétée par l’AAH jusqu’à 1 041,59 €. Les deux demandes ne s’excluent donc pas, et il est fréquent de devoir les mener en parallèle. Les conditions et le calcul du taux sont détaillés dans notre article sur les conditions de l’AAH, et le cumul avec un salaire dans celui sur l’AAH et le travail.
La demande se dépose à la MDPH avec le formulaire Cerfa n° 15692 et le certificat médical Cerfa n° 15695, daté de moins de douze mois. La MDPH dispose de quatre mois pour répondre ; l’absence de réponse vaut refus. La même demande permet de solliciter la reconnaissance de la qualité de travailleur handicapé, attribuée pour une durée de un à dix ans, ou sans limite de durée lorsque le handicap n’est pas susceptible d’évoluer favorablement.
Les voies de recours diffèrent selon la décision contestée, et l’erreur est fréquente. Dans tous les cas, un recours administratif préalable obligatoire doit d’abord être adressé à la MDPH dans les deux mois. Ensuite :
- pour l’AAH, la carte mobilité inclusion ou la PCH : pôle social du tribunal judiciaire ;
- pour la RQTH et l’orientation professionnelle : tribunal administratif.
Notre article sur les droits des travailleurs handicapés détaille les aides associées.
6. Le cas des agents publics
Au-delà du congé de maladie ordinaire, deux congés longs existent et sont souvent ignorés :
- le congé de longue maladie, d’une durée maximale de trois ans : un an à plein traitement, deux ans à demi-traitement ;
- le congé de longue durée, d’une durée maximale de cinq ans pour certaines affections : trois ans à plein traitement, deux ans à demi-traitement.
Lorsque l’état de santé ne permet plus l’exercice des fonctions, le conseil médical peut proposer un reclassement, une mise en disponibilité d’office ou une retraite pour invalidité, qui ne relève pas du régime des pensions d’invalidité du secteur privé.
Questions fréquentes
Les indemnités journalières augmentent-elles après un mois d’arrêt ? Non. Le taux reste de 50 % du salaire journalier de base pendant toute la durée de l’arrêt. Ce qui peut évoluer, c’est le complément versé par l’employeur, qui passe de 90 % à 66,66 % au terme de la première période.
Peut-on travailler en invalidité de catégorie 2 ? Oui. La catégorie décrit une capacité constatée, non une interdiction. Seule la règle du salaire de comparaison peut réduire la pension, et de la moitié du dépassement seulement.
Peut-on partir en vacances pendant un arrêt ? Oui, mais tout séjour hors du département exige l’accord préalable de la caisse, y compris en France. Partir sans autorisation expose à la suspension des indemnités et à leur remboursement.
Un indépendant doit-il faire une déclaration particulière ? Non. Il transmet son arrêt à sa caisse comme un salarié, dans les 48 heures. Aucune « déclaration d’interruption d’activité » n’est requise, mais les cotisations restent dues et il peut demander un délai de paiement à l’Urssaf.
Faut-il attendre la fin de l’arrêt pour demander une invalidité ou une AAH ? Non, et c’est souvent une erreur coûteuse. Les délais d’instruction sont de deux mois pour l’invalidité et de quatre mois pour la MDPH : les demandes se préparent pendant l’arrêt.
Sources officielles : arrêt de travail et indemnités journalières, pension d’invalidité et décret n° 2025-197 du 27 février 2025 sur la rémunération des agents publics en congé de maladie ordinaire.
