Le Fonds CMU contribue à l’analyse de l’application de la loi dans ses aspects sanitaire et social. Il assure, à ce titre, le secrétariat du conseil de surveillance placé auprès de lui.

Cette mission consiste plus précisément en un « suivi qualitatif » dont l’objet est d’identifier les difficultés d’application de la loi, de proposer les solutions à mettre en œuvre ainsi que de dessiner les évolutions souhaitables. C’est dans ce cadre que la réalisation du quatrième rapport d’évaluation de la loi CMU a été confiée au Fonds. La participation du Fonds CMU à des recherches ou la conduite d’études concourt aussi au recueil d’observations et à la formulation des mesures à prendre.

Cette mission comporte enfin une fonction d’information dont l’objectif est la diffusion de la documentation et des nombreuses données statistiques disponibles relatives à la CMU, et à l'aide complémentaire santé ainsi que les précisions ou mises au point nécessaires au bon fonctionnement des dispositifs.