Le Fonds CMU assure le financement de la CMU complémentaire (loi du 29 juillet 1999) et de l'aide complémentaire santé (loi du 13 août 2004).

Ce financement représente une dépense annuelle de plus de 1,7 milliard d’euros. Le Fonds procède à tout contrôle sur les dépenses qu’il finance.

En ce qui concerne la CMU complémentaire, les gestionnaires des dossiers bénéficient d'un forfait par bénéficiaire. Ce forfait est fixé chaque année. Les caisses d’assurance maladie reçoivent du Fonds CMU cette somme multipliée par le nombre de leurs bénéficiaires.

C’est également le cas des organismes complémentaires. Toutefois, ces derniers déduisent le forfait de la contribution au financement de la CMU à laquelle ils sont soumis.

Concernant le dispositif d'aide complémentaire santé, seuls les organismes complémentaires gérent les contrats qui y ouvrent droit. Dans ce cadre, l'aide complémentaire santé est déduite de la contribution au financement de la CMU.

Que ce soit pour les déductions de la CMU complémentaire ou pour celles de l'aide complémentaire santé, les organismes d’assurance complémentaire (mutuelles, institutions de prévoyance, sociétés d’assurance) reçoivent remboursement de la somme qui leur est due, si le montant de la contribution est inférieur au montant cumulé des déductions.